Анх МУИС-ийн бүрэлдэхүүнд 1942 онд мал эмнэлгийн анги, 1943 онд мал зүйн анги нээгдэж байсан түүхтэй. 1949 онд Хөдөө аж ахуйн факультэт болон өргөжиж 1958 онд МУИС-аас тасарч одоогийн энэ байранд Хөдөө аж ахуйн дээд сургууль болж бие даасан. 1990 оноос Их сургуулийн статустай болж, 8 бүрэлдэхүүн сургууль, эрдэм шинжилгээний 4 хүрээлэн, Дархан-Уул, Ховд, Орхон аймагт салбар сургуультайгаар үйл ажиллагаагаа явуулж байна. Одоогийн байдлаар 10 мянган оюутан сурагч, 1000 гаруй эрдэмтэн багш нартай, сүүлийн тоног төхөөрөмжөөр тоноглогдсон 100 гаруй лабораторитой.