Сүүлийн жилүүдэд эмийн ургамлыг их хэмжээгээр замбараагүй түүх явдал нэмэгдэж, хүний үйл ажиллагааны нөлөөгөөр амьтан, ургамал ховордож байгаа учраас 1996 онд УИХ-ын 43 дугаар тогтоолоор "байгалийн нөөц газар"-ын ангилалд хамааруулан улсын тусгай хамгаалалтанд авсан. Хамгаалалтын үйл ажиллагааг Говь-Алтай аймгийн Бугат сум, Тахийн талд байрлах Тахь нутагшуулах эрдэм шинжилгээний төв хариуцан явуулж байна. Алагхайрхан уул орчмын уулс нь ихэнхдээ тэгш гадаргуу нь эвдэрч шовх, эсвэл нарийхан зурвас хэлбэртэй болсон байдаг. Тус уулын хажуу эгц бөгөөд эртний мөстлөгийн үеийн мөсөн голын нөлөөгөөр үүссэн хунх, тэвшин хөндий элбэгтэй. Энэ нутаг нь Алтайн уулт өндөрлөгийн мужид багтдаг бөгөөд Дунд хайрхан, Бага хайрхан зэрэг салбар уулсаас тогтоно.

Алагхайрхан уулын ноён оргил нь 3738 метр өндөр, мөнх цастай, жилийн аль ч улиралд 30-90 миллметр хүртэл тунадас унадаг. Алагхайрхан уулнаас Хөх сайр, Цахир, Босго, Хатуу, Улиастай зэрэг олон голууд эх авч урсдаг. Энд өндөр уулын олон зүйлийн амьтад байдгаас Улаан номонд орсон ховорт тооцогдох аргаль, янгир, ирвэс, суусар, шилүүс, хойлог зэрэг хөхтөн, жигүүртэн элбэг. Вансэмбэрүү, сэржмядаг, эрээгомбо, юмдүүжин, бамбай, нохойн хошуу зэрэг эмийн ховор ургамал ургадаг.